公元1592年二月十八日，哱拜纠合其子承恩、义子哱云及土文秀等叛乱。各路援军在总督叶梦熊的统帅下，将宁夏城团团包围，并掘水灌城。又施反间计，使哱拜集团内部发生火并，李如松攻破大城后又围哱拜家，哱拜自缢，哱承恩等被擒。至此，哱拜之乱全部平息。
宁夏叛乱的背景
明朝中期，其开国之初的武勋贵族渐渐凋零，而文官集团因为其得天独厚的优势而逐步成为了掌控国家政治的主力军。在朝堂力量此消彼长之下，“以文抑武”的思想开始渐渐成为各个朝廷大政方针的主流思想。如此一来，朝堂之上文官和武将便形成了相互对立的两大集团。而这一点在党馨和哱拜之间体现得尤为明显。
哱拜原本是一员蒙古猛将，后来不得已投降了明朝。当时的宁夏巡抚王崇古看重了哱拜的勇猛善战，对他十分的倚重。当时明朝与蒙古鞑靼正在河套地区进行激烈的交锋，而哱拜也没有辜负王崇古的信任，在对自己老东家蒙古鞑靼部作战的时候异常勇猛、屡立战功。基于哱拜如此优异的表现，王崇古对于哱拜一方面越发倚重，一方面又对于其行为越发放纵。
哱拜本性桀骜不驯，现在有了王崇古在背后撑腰，行为便越发的乖张。他在宁夏多有横行不法、欺男霸女之行，弄得民怨沸腾，百姓敢怒不敢言。但是接下来好景不长，在王崇古去职之后，接替王崇古的党馨对哱拜这员蒙古降将充满了敌意，双方几乎是从一开始便势成水火。党馨先是从军事上对哱拜进行钳制，比如将其骑兵部队的战马换成劣马，或者将哱拜父子的战功进行剔除等等。此外，党馨还安排人检举哱拜父子的各种不法行为，其中因为哱承恩强抢民女一事，党馨更是直接处罚哱承恩挨了三十军棍。
按理说，党馨若是单纯挤兑哱拜父子也不至于酿成大祸，毕竟你是巡抚，人家只是一个副总兵，平日里人缘也不好，针对了也就针对了。但是偏偏党馨这个人对待军队似乎有种天然的敌意，他不只是针对哱拜父子而是对整个宁夏的军镇都采取一种刻薄的态度。尤其是党馨曾经和宁夏督储道兵备副使石继芳两人狼狈为奸，长期克扣宁夏地区驻军的军饷。
更可气的是他把本该发放用于三年时间过冬的冬衣、布、花银，总量消减为一年。要知道，宁夏地处西北，冬天十分寒冷，驻军将士们不仅要防备敌人，还要挨饿受冻，更有可能拿不到军饷。这就使得宁夏军镇上上下下对党馨等人恨之入骨。
宁夏之乱是明朝中叶以文抑武策略的矛盾暴发
老天要让人灭亡必然让人疯狂，正是党馨的倒行逆施弄得整个宁夏成了文官和武将两大集团交锋的火药桶，稍有不慎便会爆炸。而引燃这个火药桶的，正是哱拜父子！此时，在宁夏还有另外一个人——靖虏卫刘东旸！刘东旸做为军中一名普通军官，平日里很得士卒拥护，而他本身做为军中一员就是党馨等人剥削的受害者，所以其对于党馨的所作所为极为愤慨。
而这个时候，哱拜父子找到了刘东旸，教唆刘东旸实施兵变。其实哱拜父子是要利用刘东旸在汉人士卒军中的威望，从而弥补他们两人影响力的不足；而刘东旸则是希望借重哱拜父子两人的超强战力，从而为其割据宁夏增加胜算！就这样，哱拜父子与刘东旸双方一拍即合，三个人开始在军中大肆煽动士卒对党馨等人的仇恨，从而为叛乱做准备。
终于在1592年二月十八日，以刘东旸、哱拜父子为首的叛军在宁夏举起反旗！这是血色的一天，在这一天里，宁夏叛军冲入城中四处烧杀，尤其是巡抚衙门的诸多官员多数死于叛军屠刀之下。宁夏巡抚党馨亦被叛军拿获，被杀身死。
面对突然爆发的叛乱，明朝方面显得措手不及。因为当时的朝廷，已经清楚自己的卫所兵不堪大用。经过一个世纪的缓慢改革，有限的募兵队伍就成为了明军倚重的对象。他们与边区将领的家丁一起，构成了明朝后期的主要作战力量。但绝不足以做到过去卫所兵那样的覆盖率。军饷与财政保障的不均，也让不同募兵队伍间的战斗力差距甚大。
首先被派来镇压叛乱的是兵部尚书魏学曾，他麾下的部队主要来自同为边区的宣府和大同，人数也不到万人。他的第一个任务是确保叛军无法向中原腹地进攻。在发现哱拜并无此意后，便开始漫长的堡垒争夺战。叛军则因为部队数量非常有限，不足以分散防御各夺取的城关。于是在这一阶段内，他们选择节节抵抗但绝不纠缠死战。魏学曾的部队尽管不够善战，却也在缓慢的进度中逐步收复了大部分地方。
到1592年的5月，明军逐步推进到宁夏镇城下，形成了合围之势。然而，面对收缩兵力防御的叛军和自己精心修缮多年的城池，明军拙计的攻坚能力也暴露无遗。由于明朝长期将北方边患视为最大威胁，有限的经费都用于长城沿线的工事修筑，使得宁夏拥有了远高于大部分内地城市防御水平。在16世纪中期，明军还将刚刚仿制出来的大分部弗朗机火炮都布置在北方沿线，又让叛军的火力比进攻他们的明军还要出色。因此，魏学曾麾下兵马的围攻，根本奈何不了宁夏。
这时，有人向魏学曾提议，挖开附近的黄河大坝，以便水淹宁夏城墙。但魏学曾却认为这样的做法过于不讲人道，会伤及城内的普通民众，所以没有同意。然而，无论是强攻还是招降，哱拜与对明朝失望透顶的叛军都不为所动。在朝廷的迅速剿灭压力下，魏学曾才最终同意进行水攻。
但叛军并非对此没有防备，他们同样在城市外构筑了新的堤坝，并随着水位上升而不断加高。结果，原本用于冲刷城墙的大水，开始反过来倒灌入明军的营地。同时，与叛军联合的蒙古骑兵也不时攻击明军的后方。这让围攻者不仅作战失利，自己的后勤补给也成了问题。
眼看大好局面，究竟演变成一场全面溃败。明朝方面将魏学曾撤职，换上了新任兵部尚书叶梦熊，同时抽调在东北和南方各地的部队加入围攻。其中既有回回出生的将领麻贵，也有名将李成梁的儿子李如松，甚至还有戚继光留在浙江的班底和西南山区的苗人土司武装。
虽然各路兵马陆续抵达，几位悍将也同期抵达，但宁夏镇的局面并没有马上出现改观。纵使援军带来了多达400门火炮，却依然奈何不了被黄河冲刷过一遍的城墙。无论是仿制的轻型弗朗机，还是用土法改造的各类将军炮，都不具备攻城能力。至于被当做主要火力输出的碗口铳，就更打不动宁夏的墙面。
城中的叛军则主动出击，与驰援的明军进行了一次规模有限的骑兵战。在双方互有伤亡的时候，明军骑兵撤退到了车营背后，让步兵大量释放火器攻击。叛军不得不撤回城中。而原本将从背后夹击明军的蒙古人，也没有如约出现，让叛军失去了一次获得大捷的机会。
7月，明军继续以大量的火炮攻城。但基于前面所描述的原因，这些攻击都没有获得任何效果。自恃兵力雄厚的他们，又尝试以攀爬的方式强攻。但在守军的复合弓与弗朗机炮射击下，这种没有意义的强袭也因损失惨重而告终。只是由于城内的物资供应告急，叛军才有了突围逃跑的念头。但哱拜的几次突围都被占据绝对数量优势的明军击退。
双方的对峙就一直持续到这年8月。决心突围的哱拜再次尝试联系蒙古部落的骑兵。但他的信使在半途中被明军抓获，整个计划也被李如松等人获悉。于是，熟悉地形与情况的前任宁夏总兵麻贵亲自出马，在半途中伏击南下的部落武装。依靠集中使用的精锐家丁与边军骑兵残余，将没有防备的蒙古人迅速赶跑。
李如松也决定再次水淹城市。由于守军的人员损耗和后勤困难，已经没有能力再构筑新的堤坝反击。明军的火器阵地，则可以用火力覆盖城墙以外的地方，让叛军工兵难以冒头。黄河的大水便在宁夏城附近慢慢升高，到9月时已接近3米多深。一些较为脆弱的城墙开始出现崩坏，让部分叛军企图坐船逃离城市。但这一企图还是没有能突破明军的包围圈。
事已至此，哱拜决心与明军谈判。但在他杀死了两位一同叛乱的主将后，没有得到任何回应。9月25日，他们在无奈中尝试了最后一搏。蒙古骑兵再次尝试了南下增援。但在早有防备的李如松和麻贵面前，不愿意损耗部落人口的他们，因作战不顺而轻易撤退。同日，宁夏城内的叛军则将少量火器半岛了城墙的箭楼中，轰击远处的明军。但他们手里的武器，同样和明军处在一个水平级上，发挥不了多达的效果。
漫长的围攻持续到10月，城市的北墙被大水冲垮，整片区域被没入水中。明军则集中兵力进攻南墙，终于将失去意志的叛军击溃。哱拜和少量扈从退到了自己家中，被李如松等人团团包围。由于不敢和他们发生正面冲突，明军选择防火焚烧房屋。最终，失去全部希望的哱拜在屋子被烧毁前上吊自杀。叛乱的平息，让明朝上下都大喜过望。李如松与麻贵又被急匆匆的调往朝鲜，对抗丰臣秀吉的日军。他们将自己在宁夏之役中采用的兵种和战法，又搬到了半岛战场。
宁夏之乱号称万历三大征之一，对于明朝中叶的影响非常深远，这里要特别提到几点：
一是文官与武将的对立是此役的根源。文官集团在明朝中期已经成为掌控大明朝政的主要政治力量，而其自身的极强“排他性”使得他对军方、太监、皇帝等势力形成了多种交织的矛盾，使得明朝处于一种长期内耗的状态，国势日益衰微。
二是朝廷大臣对边军的剥削极大削弱了大明的边防实力。由于文官集团的刻意打压，使得明朝军方将领长期受到压制，各地部队粮饷、武器、装备、军费等长期被盘剥，从而造成大明朝军队日益腐朽，边防逐渐飞驰。正是在这样的大环境下，后金才会逐渐崛起，为后来明朝灭亡埋下了隐患。
三是宁夏之乱消耗掉了“万历新政”以来大明的多年积蓄。大明于此役虽然最终获胜，但是在此期间却极大的消耗了明朝的财力、人力、物力，尤其是宁夏地区遭到破坏十分严重，无数百姓流离失所，这一役使得张居正主持改革以来好不容易为朝廷积蓄的家底儿几乎消耗一空，加速了大明朝滑向深渊的步伐。
